Der Bürgerkrieg im Südsudan, der in einer ersten Phase von 1955-1972 und in einer zweiten von 1983-2005 dauerte, hatte eine Reihe von ethnischen, religiösen, wirtschaftlichen und geostrategischen Ursachen.
Der afrikanisch und christlich bzw. animistisch geprägte Süden des Sudan wurde vom arabisch-muslimischen Norden jahrzehntelang vernachlässigt. Konflikte um wirtschaftlich nutzbare Ressourcen, wie Acker- und Weideland, das Nilwasser, Rohstoffe, darunter vor allem Erdöl, verschärften die Spannungen.
Schon im Jahr 1955 erhob sich im Süden des Landes der Aufstand gegen die Diskriminierung und Bevormundung durch den Norden und mündete schließlich im Ausbruch des Bürgerkrieges. Zwar konnte dieser zunächst beendet werden, als der damalige Staatspräsident Nimeiri dem Süden eine Teilautonomie gewährte, doch die politische, soziale und wirtschaftliche Vernachlässigung dauerte an. Aufgrund der Entdeckung weiterer Erdölvorkommen im Süden, setzte die Zentralregierung alles daran, die Kontrolle über diese Gebiete zu erlangen. Durch die zunehmende Islamisierung und die Einführung der Scharia, der islamischen Gesetzgebung, auch für die südliche, nicht-muslimische Bevölkerung verschärfte sich die Situation erneut.
1983 begann die zweite Phase des Bürgerkrieges, in der sich die SPLA/M (Sudan’s People Liberation Army/Movement), die größte Rebellenbewegung im Südsudan, heftige Kämpfe mit der Zentralregierung in Khartum lieferte. Der Bürgerkrieg zwischen dem Nord- und Südsudan forderte mehr als 2 Millionen Tote, über 4 Millionen Menschen wurden vertrieben.
Internationalem Druck ist es zu verdanken, dass die Regierung Friedensgespräche mit der SPLA/M aufnahm. Nach jahrelangen Verhandlungen konnte im Januar 2005 ein Friedensabkommen unterzeichnet werden. Dem Süden wurden neben Beteiligungsrechten an der Zentralregierung zudem das Recht eingeräumt, nach einer sechsjährigen Übergangsperiode (Teilautonomie) in einem Referendum über die Unabhängigkeit abzustimmen.
Derzeit sollen Soldaten im Rahmen der UNO-Friedensmission Unmis (United Nations Mission in Sudan) den Frieden im Südsudan überwachen und sichern. Ein dauerhafter Frieden im Sudan kann jedoch nur erreicht werden, wenn er auch Konflikte wie den jenigen in Darfur mit einschließt.
